عسل‌های با‌کیفیت و بدون تقلب معمولا دچار فساد میکروبی نخواهند شد. عسل به دلیل غلظت‌های بالای قند، یکی از مواد غذایی است که به طور طبیعی محیط مناسبی برای رشد اغلب میکروارگانیسم‌ها نخواهد بود.
همچنین عسل‌های با کیفیت دارای ترکیبات ضد میکروبی هستند. برخی میکروب‌های قند‌دوست در صورت عدم رعایت شرایط نگهداری و بسته‌بندی ممکن است باعث فساد عسل شوند.
بهترین ظرف برای نگهداری عسل ظروف شیشه‌ای با در‌های محکم و نفودناپذیر به هواست. برای این منظور می‌توانید از ظروف سرامیکی یا حتی پلاستیکی هم استفاده کنید، اما توجه داشته باشید ظروف فلزی به هیچ وجه برای این منظور مناسب نیستند، چرا که فلزات می‌توانند به مرور زمان سبب اکسیداسیون عسل شوند.
با این حال استفاده از قاشق‌های فلزی برای برداشتن عسل بلامانع است،چرا که عسل تنها چند ثانیه با سطح فلزی در تماس است. ظرف نگهداری عسل قبلا نباید برای مواد غذایی با بوی شدید استفاده شده باشد به‌خصوص ترشی‌ها یا مرباها.هیچ‌گاه عسل را در نقاط گرم آشپزخانه یا منزل نگهداری نکنید و آن را از منابع حرارت از قبیل گاز یا آون دور نگه دارید. عسل در دماهای 10 تا 21 درجه سانتی‌گراد تازه خواهد ماند.
همچنین محل نگهداری عسل نباید دارای نوسانات دمایی باشد، چرا که عسل تیره شده و عطر و طعم ویژه خود را از دست می‌دهد.عسل را در معرض نور خورشید مثلا در پشت پنجره نگهداری نکنید.
کابینت‌هایی که خیلی باز و بسته نمی‌شوند برای نگهداری عسل مناسب خواهند بود.از نفوذ ناپذیری در ظرف نگهداری عسل اطمینان حاصل کنید و سعی کنید میزان ورود هوا به داخل ظرف را به حداقل برسانید.
طعم عسل می‌تواند با حضور هوا تحت تاثیر قرار بگیرد. همچنین زمانی که عسل در زمان طولانی در معرض هوا قرار بگیرد، می‌تواند رطوبت هوا را جذب کند که با تغییر رنگ و طعم عسل همراه خواهد بود.
کریستالیزه شدن عسل
قندهای تشکیل‌دهنده عسل عمدتا از نوع فروکتوز و گلوکز هستند و عسل حدود 70 درصد قند و 20 درصد آب است. گلوکز حلالیت کمی در آب دارد و به مرور زمان از حالت محلول به حالت کریستالی درمی‌آید و این کریستال‌ها به تدریج رشد می‌کنند و تمامی عسلرا فرا می‌گیرند. برای نگهداری عسل لازم نیست آن را در دمای یخچال قرار دهید.
عسل زمانی که در یخچال قرار می‌گیرد سریع‌تر کریستالیزه می‌شود یا اصطلاحا شکرک می‌زند؛ البته در دمای محیط نیز ممکن است این اتفاق بیفتد، اما در مدت زمان‌های خیلی طولانی که از چند هفته تا چند سال بسته به نوع عسل متفاوت است.
تصور عمومی بر این است که عسلی که شکرک زده تقلبی است یا فاسد شده است، اما این یک فرآیند طبیعی است که در عسل‌های خام، خالص و عسل‌هایی که حرارت ندیده‌اند اتفاق می‌افتد. کریستالیزاسیون در برخی عسل‌ها به صورت همگن و یکنواخت رخ می‌دهد و در برخی سبب ایجاد دو لایه شکرک در ته و شفاف در روی ظرف می‌شود. کریستالیزه شدن سبب مات شدن رنگ عسل می‌شود.
اگر ظاهر این عسل کریستالیزه شده را دوست ندارید ظرف عسل را (ترجیحا شیشه‌ای) در یک ظرف آب گرم قرار دهید و به صورت غیر‌مستقیم حرارت داده و سریع آن را هم بزنید. از حرارت دهی مستقیم و شدید آن بپرهیزید، چرا که سبب تیرگی رنگ، از دست رفتن طعم و تشکیل ترکیبات مضر نظیر هیدروکسی متیل فورفورال می‌شود. عسل کریستالیزه را به هیچ وجه در ماکروویوقرار ندهید.
