حضرت آیت الله شبیری زنجانی ذکاء و حافظه فوق العاده را از ویژگی های بارز آیت الله العظمی خویی برشمردند.
مرجع تقلید شیعیان در گفتاری به مناسبت سالگرد ارتحال آیت الله العظمی خویی بیان داشته اند: آقای خویی چند امتیاز فوق العاده دارد. یکی سرعت انتقال فوق العاده و ذکاء است.
آقای بهشتی که فضل و تقوای او مورد قبول همه بود و صلاحیت مرجعیت بعد از آقای خویی را از نظر حوزه های علمیه کاملا داشته و ملّای حسابی بود و در جلسه استفتای آقای خویی شرکت می کرده است. آقایی خطاب به ایشان می گفت: آقای بهشتی! شما در این جلسه شرکت می کنید، استفاده هم می کنید از این جلسه؟ (آقای بهشتی) گفت: از ذکاء او من استفاده می کنم. هیچ مساله مشکلی نیست که احتیاج به فکر عمیق داشته باشد، مختصر فکر می کند و حل می کند. ذکاء او خیلی ممتاز است.
یک وقتی، من یک سئوال دیگری هم کردم و ایشان جواب دادند که معلوم شد، آن هم مبتنی بر همین ذکاء ایشان است.
یکی دیگر، حافظه فوق العاده ایشان است. در سن بین نود و صد سالگی، قرآن حفظ می کرد. در این سنین که چیزی در حافظه انسان نمی ماند اما ایشان حافظه خیلی استثنایی داشت. فکرش هم فکر قوی بود و صاحب فکر بود.
بیان ایشان هم جزو بیان های درسی ممتاز بود. همین الان نوار بیانات ایشان را گرفتند، با همان که روی کتابت هست، یکی است به گونه ای که گویا از روی کتاب می خواند و بیان ایشان با آنچه نوشته است، یکی است.
قلمش هم خیلی قلم روشنی است و انسان راجع به چیزی که ایشان می خواهد بیان کند، گیج نمی شود. این امتیازات را دارد. شاید ۵۰ سال اخیر نجف، کمتر کسی است که از درس ایشان استفاده نکرده باشد.
شنیدم آشیخ محمدرضا آل یاسین، به ایشان گفته بود، طلبه هایی که به نجف می آیند، برای درس شما می آیند.
از آقای سید عبدالکریم اردبیلی رضوان الله تعالی علیه شنیدم که گفت: یک دفعه، پولی از طرف عرب ها به عنوان وجوهات به آقای آشیخ محمدرضا آل یاسین داده بودند چون ایشان مرجع عرب ها در تقلید بود. آقای آل یاسین هم این پول را برای آقای خویی فرستاده بود که ایشان به شاگردانش بدهد چون ایشان معتقد بود طلاب فقط برای استفاده علمی به درس آقای خویی می روند. چون آقای خویی، آن زمان، مرجعیت علی الاطلاق نداشت بلکه مرجعیت علمی داشته نه مرجعیت تقلیدی. افراد معدودی هم که بودند مرجعیت تقلیدی گفته نمی شد. ایشان این پول را برای دوجهت به آقای خویی می فرستد؛ یکی اینکه ترویج از آقای خویی شده باشد و دیگر آنکه پول ها به مصرف خودش برسد. چون طلبه های درسخوان آنجا می رفتند. آقای خویی هم پول را گرفته بود و از طرف آقای آل یاسین بین طلبه ها تقسیم کرده بود. خلاصه هر دو بزرگوار به جهات انسانی خودشان عمل کرده بودند.
