https://virgool.io/feed/@kazemi62800 اندک دانشی در زیست شناسی مولکولی fa 2026-06-16 20:26:48 https://files.virgool.io/upload/users/40881/avatar/NtsE1N.jpg?height=120&width=120 https://virgool.io/@kazemi62800 https://virgool.io/@kazemi62800/%D8%B1%D8%A7%D9%87%D9%86%D9%85%D8%A7%DB%8C-%D8%B3%D8%B1%DB%8C%D8%B9-%D8%A8%D8%B1%D8%A7%DB%8C-%D8%A7%D9%86%D8%AA%D8%AE%D8%A7%D8%A8-%D9%81%DB%8C%D9%84%D8%AA%D8%B1%D9%87%D8%A7%DB%8C-%D8%A7%D8%B3%D8%AA%D8%B1%DB%8C%D9%84-%D8%B3%D8%B1-%D8%B3%D8%B1%D9%86%DA%AF%DB%8C-kidka7iuptjo 1. Cellulose Acetate (CA – سلولز استات)«انتخاب اول برای فیلتراسیون محلول‌های حساس به دناتوراسیون پروتئین و نمونه‌های پروتئینی، با حداقل اتصال غیراختصاصی.»ویژگی شاخص: کمترین پروتئین‌باندینگ، هیدروفیلیک، مناسب برای پروتئین‌ها، آنزیم‌ها و سرم‌ها.2. Polyvinylidene Fluoride (PVDF – پلی‌وینیلیدن فلوراید)«برای کاربردهای نیازمند مقاومت شیمیایی بالا و بازیابی کامل پروتئین.»ویژگی شاخص: مقاومت شیمیایی خوب، بازیابی پروتئین بالا، هیدروفیلیک یا هیدروفوب بسته به نوع، پرکاربرد در HPLC و LC-MS.3. Polyethersulfone (PES – پلی‌اتر سولفون)«برای فیلتراسیون سریع و حجم بالا با جریان زیاد و اتصال کم پروتئین.»ویژگی شاخص: هیدروفیلیک، فلو بالا، مناسب کشت سلولی و محلول‌های آبی با حساسیت بالا به کاهش حجم.4. Polytetrafluoroethylene (PTFE – تفلون)«برای فیلتراسیون حلال‌های آلی و اسیدهای قوی بدون نگرانی از خوردگی یا حل شدن غشا.»ویژگی شاخص: فوق‌العاده مقاوم شیمیایی، هیدروفوب (برای محلول‌های آبی باید پیش‌تر خیس شود)، ایده‌آل برای حلال‌های آلی و گازها.5. Polyamide / Nylon (پلی‌آمید یا نایلون)«برای محلول‌های آبی و حلال‌های آلی ضعیف، با مقاومت مکانیکی و شیمیایی مناسب.»ویژگی شاخص: هیدروفیلیک، مقاومت مکانیکی بالا، مناسب نمونه‌های با pH متوسط، پرکاربرد در آنالیز کروماتوگرافی.6. Regenerated Cellulose (RC – سلولز بازتولیدشده)«برای فیلتراسیون حلال‌های آلی قطبی و غیرقطبی و محلول‌های آبی، با جذب پروتئین بسیار پایین.»ویژگی شاخص: هیدروفیلیک، سازگاری عالی با انواع حلال، بسیار کم‌پروتئین‌باندینگ، ایده‌آل برای LC-MS و HPLC. یادداشت های آزمایشگاه مولکولی یادداشت های آزمایشگاه مولکولی Tue, 12 Aug 2025 11:47:44 +0330 https://virgool.io/@kazemi62800/%D9%85%D9%82%D8%A7%DB%8C%D8%B3%D9%87-%D8%AF%D8%B1%D8%B5%D8%AF-%D8%AE%D8%B7%D8%A7%DB%8C-%D9%87%D9%85%D8%A7%D9%86%D9%86%D8%AF-%D8%B3%D8%A7%D8%B2%DB%8C-%D8%AF%D8%B1-%D8%B1%DB%8C%D9%88%D8%B1%D8%B3-%D8%AA%D8%B1%D8%A7%D9%86%D8%B3-%DA%A9%D8%B1%DB%8C%D9%BE%D8%AA%D8%A7%D8%B2-%D8%A8%D8%A7-%D8%AF%DB%8C%DA%AF%D8%B1-%D9%BE%D9%84%DB%8C-%D9%85%D8%B1%D8%A7%D8%B2%D9%87%D8%A7-d4gxc98cxphv درصد خطای ریورس ترانس کریپتاز نسبتا زیاد است و بین یک به هزار تا یک به 30 هزار می باشد. ریورس ترانس کریپتاز فاقد خاصیت اصلاح خطا (proofreading) است. بین دو ریورس ترانس کریپتاز MMLV و AMLV در خطای AMLV بیشتر است و بین 1 به هزار تا یک به 10 هزار می باشد و این عدد برای MMLV بین 1 به 10 هزار تا یک به 30 هزار گزارش شده است.درصد خطای آنزیم های همانند سازی در DNA پلی مراز ها نسبتا کمتر است و بین پلی مرازهای مختلف متفاوت است و در بازه 1 به 10 هزار تا یک به ده میلیون می تواند باشد.برای Taq DNA Polymerase درصد خطا بین 1 به 10 هزار تا 1 به 100 هزار است (فاقد خاصیت اصلاح خطا).برای Pfu DNA Polymerase درصد خطا یک به یک میلیون است (دارای خاصیت اصلاح خطا). برای Phusion DNA Polymerase درصد خطا بین 1 به یک میلیون تا 1 به ده میلیون است (دارای خاصیت اصلاح خطا). یادداشت های آزمایشگاه مولکولی یادداشت های آزمایشگاه مولکولی Wed, 09 Oct 2024 09:18:05 +0330 https://virgool.io/@kazemi62800/%D9%85%D9%82%D8%AF%D8%A7%D8%B1-%D9%85%D8%AA%D8%A7%D9%86%D9%88%D9%84-%D9%84%D8%A7%D8%B2%D9%85-%D8%A8%D8%B1%D8%A7%DB%8C-%D8%AA%D8%BA%D8%B0%DB%8C%D9%87-%D9%BE%DB%8C%DA%A9%DB%8C%D8%A7-%D9%BE%D8%A7%D8%B3%D8%AA%D9%88%D8%B1%DB%8C%D8%B3-%D8%AF%D8%B1-%D8%B2%D9%85%D8%A7%D9%86-%D8%A7%D9%84%D9%82%D8%A7-%D8%A8%DB%8C%D8%A7%D9%86-%D8%AF%D8%B1-%D9%81%D8%B1%D9%85%D8%A7%D9%86%D8%AA%D9%88%D8%B1-jdn7uwxbenpv نرخ تغذیه متانول معمول برای Pichia pastoris به طور کلی بین 0.5 تا 5.0 گرم در لیتر در ساعت (g/L/h) متغیر است. تفکیک دقیق‌تر آورده در زیر آمده است:نرخ تغذیه پایین: 0.5 تا 2.0 گرم در لیتر در ساعتمناسب برای حفظ قابلیت زنده‌ماندن سلول‌ها و کاهش خطر مسمومیت با متانول.اغلب در مرحله اولیه تطبیق زمانی که سلول‌ها از گلیسرول به متانول منتقل می‌شوند، استفاده می‌شود.نرخ تغذیه متوسط: 2.0 تا 3.5 گرم در لیتر در ساعتمعمولاً در طول مرحله اصلی بیان استفاده می‌شود.تعادلی بین به حداکثر رساندن تولید پروتئین و حفظ رشد سالم سلول‌ها ایجاد می‌کند.نرخ تغذیه بالا: 3.5 تا 5.0 گرم در لیتر در ساعتبرای کشت‌های با چگالی بالای سلول (high cell density) یا سویه‌هایی که به‌طور خاص برای تحمل بالا به متانول مهندسی شده‌اند، استفاده می‌شود.نیاز به نظارت دقیق برای جلوگیری از تجمع متانول، که می‌تواند برای سلول‌ها سمی باشد، دارد.نرخ دقیق می‌تواند بسته به سویه، مقیاس تخمیر کننده و شرایط خاص فرآیند متفاوت باشد.برای تبدیل میلی‌لیتر (mL) متانول به گرم (g)، می‌توانید از چگالی متانول استفاده کنید. چگالی متانول در دمای اتاق تقریباً 0.7918 گرم بر میلی‌لیتر (g/mL) است.بنابراین، اگر حجم مشخصی از متانول به میلی‌لیتر دارید، می‌توانید آن را در 0.7918 ضرب کنید تا جرم آن به گرم بدست آید. یادداشت های آزمایشگاه مولکولی یادداشت های آزمایشگاه مولکولی Wed, 10 Jul 2024 14:14:37 +0330 https://virgool.io/@kazemi62800/%D8%AF%D8%B1-%D9%81%D9%84%D9%88%D8%B3%DB%8C%D8%AA%D9%88%D9%85%D8%AA%D8%B1%DB%8C-fsc-%D9%88-ssc-%DA%86%DB%8C%D8%B3%D8%AA-uufsmnsq4axc در فلوسیتومتری، FSC (Forward Scatter) و SSC (Side Scatter) دو نوع پراکندگی نوری هستند که برای تحلیل و شناسایی سلول‌ها استفاده می‌شوند:پراکندگی مستقیم FSC، این پارامتر میزان نوری را که به طور مستقیم از سلول عبور می‌کند اندازه‌گیری می‌کند. معمولاً FSC با اندازه سلول‌ها ارتباط دارد، به طوری که سلول‌های بزرگتر نور بیشتری را عبور می‌دهند.پراکندگی جانبی SSC: این پارامتر میزان نوری را که در زوایای بزرگ‌تر پراکنده می‌شود اندازه‌گیری می‌کند. SSC اطلاعاتی درباره پیچیدگی و ساختار داخلی سلول‌ها می‌دهد، مانند میزان گرانول‌ها و ترکیبات داخلی سلول.این دو پارامتر با هم می‌توانند به شناسایی و تمایز انواع مختلف سلول‌ها در یک نمونه کمک کنند.در فلوسیتومتری، نوری که توسط سلول‌ها پراکنده می‌شود توسط دو آشکارساز نوری اندازه‌گیری می‌شود: پراکندگی رو به جلو (FSC) که پراکندگی در امتداد مسیر لیزر را شناسایی می‌کند و پراکندگی جانبی (SSC) که پراکندگی در زاویه نود درجه نسبت به لیزر را اندازه‌گیری می‌کند. شدت FSC متناسب با قطر سلول است و عمدتاً به دلیل شکست نور در اطراف سلول است. سیگنال FSC می‌تواند برای تمایز سلول‌ها بر اساس اندازه استفاده شود. از طرف دیگر، SSC ناشی از نور شکسته یا منعکس شده در محل تلاقی لیزر و ساختارهای داخل سلول، مانند گرانول‌ها و هسته است. SSC اطلاعاتی درباره پیچیدگی داخلی (یعنی گرانولاریته) یک سلول فراهم می‌کند. یادداشت های آزمایشگاه مولکولی یادداشت های آزمایشگاه مولکولی Fri, 28 Jun 2024 09:48:06 +0330 https://virgool.io/@kazemi62800/%D9%86%D8%B3%D8%A8%D8%AA-%D9%88%D8%B2%D9%86-%D8%B3%D9%84%D9%88%D9%84-%D8%AE%D8%B4%DA%A9-dcw-%D8%A8%D9%87-%D9%88%D8%B2%D9%86-%D8%AA%D8%B1-%D8%B3%D9%84%D9%88%D9%84-wcw-%D8%AF%D8%B1-pichia-pastoris-dignswtnshjz منبع ChatGPT4.oنسبت وزن تر سلول به وزن خشک می‌تواند بسته به چندین عامل مانند شرایط رشد، سویه استفاده شده و فاز رشد که سلول‌ها در آن برداشت می‌شوند، متفاوت باشد. با این حال، نسبت معمول که در مقالات علمی ذکر شده است، تقریباً 1:5 تا 1:6 است. این بدان معنی است که وزن سلول خشک معمولاً حدود یک‌پنجم تا یک‌ششم وزن سلول مرطوب است. مثلا اگر وزن سلول مرطوب 1 گرم باشد، وزن سلول خشک تقریباً 0.167 تا 0.2 گرم خواهد بود.این نسبت یک تخمین میانگین است و مقادیر واقعی می‌توانند متفاوت باشند. یادداشت های آزمایشگاه مولکولی یادداشت های آزمایشگاه مولکولی Tue, 11 Jun 2024 10:29:46 +0330 https://virgool.io/@kazemi62800/%DA%86%D8%B1%D8%A7-%D8%A7%D8%B2-%D9%85%D9%88%D8%B4-balbc-%D9%85%D8%A7%D8%AF%D9%87-%D8%A8%D8%B1%D8%A7%DB%8C-%D9%85%D8%B7%D8%A7%D9%84%D8%B9%D9%87-%D8%A7%DB%8C%D9%85%D9%86%DB%8C-%D8%B2%D8%A7%D8%A6%DB%8C-%D8%A7%D8%B3%D8%AA%D9%81%D8%A7%D9%87-%D9%85%DB%8C-%D8%B4%D9%88%D8%AF-koqnjnptybik منبع: Chat GPT4.oموش‌های ماده BALB/c با سن ۴ تا ۶ هفته به طور معمول در آزمایش‌های ایمن‌سازی و دیگر تحقیقات زیست‌پزشکی به کار می‌روند، به دلایل مرتبط با ویژگی‌های ژنتیکی، بیولوژیکی، و عملی آنها:۱. یکنواختی ژنتیکیموش‌های BALB/c یک نژاد خالص هستند، به این معنا که از نظر ژنتیکی یکنواخت‌اند. این موضوع تغییرپذیری ژنتیکی را کاهش می‌دهد و نتایج تجربی را ثابت‌تر و قابل تکرار می‌کند.۲. ویژگی‌های سیستم ایمنیپاسخ ایمنی Th2: موش‌های BALB/c تمایل دارند که یک پاسخ ایمنی Th2 داشته باشند، که برای مطالعه انواع خاصی از عفونت‌ها، آلرژی‌ها و پاسخ‌های ایمنی مفید است. این تمایل به سمت Th2 آنها را به ویژه برای مطالعات ایمنی‌شناسی، شامل توسعه واکسن و تحقیق در مورد آلرژی، مفید می‌سازد (در مقابل نژاد C57BL/6 که در آن پاسخ ایمنی Th1 غالب است). ۳. ملاحظات سنیموش‌های ۴ تا ۶ هفته‌ای: موش‌های با این سن به عنوان جوان بالغ در نظر گرفته می‌شوند. آنها دارای سیستم ایمنی بالغی هستند که می‌تواند به خوبی به ایمن‌سازی پاسخ دهد، در عین حال هنوز به اندازه کافی جوان هستند تا از مشکلات سلامتی مرتبط با سن در امان باشند. این محدوده سنی تعادل بهینه‌ای برای مطالعه پاسخ‌های ایمنی فراهم می‌کند.۴. انتخاب جنسیتموش‌های ماده: موش‌های ماده در مطالعات ایمن‌سازی به دلایل متعددی اغلب ترجیح داده می‌شوند:سطوح هورمونی پایدار: موش‌های ماده چرخه‌های هورمونی پایدارتری نسبت به موش‌های نر دارند. در نرها رفتار تهاجمی و علامت‌گذاری قلمرویی آنها می‌تواند تنوع ایجاد کند.کاهش تهاجم: موش‌های ماده به طور کلی کمتر تهاجمی هستند و کمتر به جنگیدن می‌پردازند، که می‌تواند استرس و آسیب را کاهش داده و شرایط تجربی را ثابت‌تر کند.۵. ملاحظات عملیمدل به خوبی شناخته شده: موش‌های BALB/c یکی از نژادهایی هستند که به طور گسترده در تحقیقات ایمنی‌شناسی و سرطان استفاده می‌شوند. حجم زیادی از داده‌های زمینه‌ای و پروتکل‌های تثبیت شده وجود دارد که به طراحی و تفسیر نتایج تجربی کمک می‌کند.دسترسی و هزینه: موش‌های BALB/c به راحتی در دسترس هستند و نسبت به نژادهای دیگر نسبتاً ارزان‌تر هستند، که آنها را به یک انتخاب عملی برای بسیاری از آزمایشگاه‌ها تبدیل می‌کند.خلاصهاستفاده از موش‌های ماده BALB/c با سن ۴ تا ۶ هفته در آزمایش‌های ایمن‌سازی، ترکیبی از یکنواختی ژنتیکی، پاسخ‌های ایمنی قابل پیش‌بینی، مزایای عملی در نگهداری و هزینه اثربخشی را ارائه می‌دهد. این عوامل آنها را به مدلی ایده‌آل برای مطالعه مکانیسم‌های ایمنی، کارایی واکسن و دیگر پدیده‌های ایمنی‌شناسی تبدیل می‌کند. یادداشت های آزمایشگاه مولکولی یادداشت های آزمایشگاه مولکولی Mon, 10 Jun 2024 14:10:46 +0330 https://virgool.io/@kazemi62800/%D9%81%D9%84%D9%88%DA%A9%D9%88%D9%84%DB%8C%D8%B2%D8%A7%D8%B3%DB%8C%D9%88%D9%86-%D8%AF%D8%B1-%D9%BE%DB%8C%DA%A9%DB%8C%D8%A7-%D9%BE%D8%A7%D8%B3%D8%AA%D9%88%D8%B1%DB%8C%D8%B3-flocculation-ren0zvdcopon یک مشکل در کار با پیکیا مشکل به هم چسبیدن سلول ها است که در بین سویه های مختلف با درجات مختلفی مشاده می شود. در کار ما بیشتر در مورد سویه های پیکیا پینک 1 تا 4 دیده شد و مقالات مختلفی که در این زمینه وجود دارد و عنوان برخی از آنها را در ادامه می آورم به ایحاد این حالت اشاره کرده اند و حتی ایجاد آن در پایان فرمنتاسیون را یک روش خوب برای جداسازی سلول ها از محیط کشت ذکر کرده اند. ولی در کار ما در ابتدای رشد این وضعیت مشاهده شد. برای رفع آن مواردی مثل افزودن مانوز، EDTA به محیط کشت، تغییر فلاسک و میزان کشت و سرعت شیکر نتوانست کمکی به حذف فلوکولیزاسیون داشته باشند. در لوله در تمام حالت ها فلوک مشاهده شد، کشت از لوله فلوک شده به ارلن هم وضعیت را تشدید کرد و در ارلن 250 با 50 سی سی محیط YPD هم همین وضعیت دیده شد. تنها با کشت تک کلون به مقدار کم از ابتدا در ارلن 250 با 50 سی سی محیط کشت YPD با سرعت رشد 250 دور در دقیقه در 28 درجه، این وضعیت به کمترین حالت رسید و حتی ادامه آن برای بیان نشان داد که بیان انجام می شود. برای حالت فلوکولیزه هم که از کشت اورنایت لوله (فلوکوله شده بود) به ارلن 250 سی سی با 50 سی سی محیط YPD تلفیح انجام شد و با شدت زیادی حالت فلوکولیزه دیده می شد، کار بیان را ادامه دادیم و بعد از 72 ساعت بیان را بررسی خواهیم کرد که آیا بیان اتفاق می افتد یا خیر؟عنوان چند مقاله که اطلاعات خوبی در رابطه با این موضوع دارند:1.Cause and control of flocculation in yeastMarika H. Straver, Jan W. Kijne and Gerrit Smit2. Yeast Flocculation—Sedimentation and FlotationGraham G. Stewart3. Flocculation of yeast suspensions by a cationic flocculantS. Mondal a,⁎, Y.K. Leong b, J.L. Liow c, S.R. Wickramasinghe یادداشت های آزمایشگاه مولکولی یادداشت های آزمایشگاه مولکولی Wed, 13 Dec 2023 12:50:47 +0330 https://virgool.io/@kazemi62800/%D8%A7%D8%B1%D9%84%D9%86-%D8%A8%D8%A7%D9%81%D9%84-%D8%AF%D8%A7%D8%B1-%D8%A8%D8%A7-%D8%AF%D8%B1%D8%A8-%D9%81%D9%84%D8%B2%DB%8C-%D9%82%D8%A7%D8%A8%D9%84-%D8%A7%D8%AA%D9%88%DA%A9%D9%84%D8%A7%D9%88-wvyyasify2og یک چیز جدیدی که اینجا باهاش آشنا شدم این ارلن های بافل دار هستند که دربش هم فلزی اسن ونیازی است با پنبه و فویل براش درب درست کنیم. البته قیمت هاش هم بالاست و بسته 5 تائی 250 میلی لیتری آنها 252 یورو و بسته 10 تائی درب ها 262 یورو است یعنی ده تا ارلن 250 میلی لیتری با درش در میاد 766 یورو یعنی هر ارلن میشه چهار میلیون و دویست هزار تومان! خدائیش خیلی پوله ولی کار کردن باهاش هم آسونه و هم تر تر تمیزتر در میاد! یادداشت های آزمایشگاه مولکولی یادداشت های آزمایشگاه مولکولی Wed, 13 Dec 2023 12:17:41 +0330 https://virgool.io/@kazemi62800/%D8%AC%D8%AF%D9%88%D9%84-%D8%AA%D8%B1%D8%AC%DB%8C%D8%AD-%DA%A9%D8%AF%D9%88%D9%86%DB%8C-%D9%BE%DB%8C%DA%A9%DB%8C%D8%A7-%D9%BE%D8%A7%D8%B3%D8%AA%D9%88%D8%B1%DB%8C%D8%B3-pichia-pastoris-codon-usage-jswkdjsj1llw مقاله مرجع برای ترجیح کدونی پیکیا پاستوریس را پیدا کردم و جدول آنرا اینجا می گذارم که بعدا از آن استفاده کنم. برای بهینه سازی ژن های سنتزی می توان از این جدول استفاده کرد. عنوان مقاله که در مجله نیچر چاپ شده است: Genome sequence of the recombinant protein production host Pichia pastoris یادداشت های آزمایشگاه مولکولی یادداشت های آزمایشگاه مولکولی Wed, 13 Dec 2023 12:16:29 +0330 https://virgool.io/@kazemi62800/%D8%AA%D8%A7%D8%AB%DB%8C%D8%B1-%D8%A7%D8%AA%D8%A7%D9%86%D9%88%D9%84-%D8%B1%D9%88%DB%8C-%D9%BE%DB%8C%DA%A9%DB%8C%D8%A7-%D9%BE%D8%A7%D8%B3%D8%AA%D9%88%D8%B1%DB%8C%D8%B3-xhqtseha7tal بچه ها اشتباهی برای القا در 12 ساعت پس از وارد شدن در محیط BMMY به جای متانول (نیم درصد) از اتانول استفاده کرده بودند. برای فهمیدن اینکه چه تاثیری دارد و چه باید بکنیم؟ این مقاله را پیدا کردم (https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S138917230180236X?via%3Dihub) که تاثیر اتانول را بررسی کرده است. در خصوص اتانول ذکر شده که غلظت 10 میلی گرم در لیتر اتانول باعث مهار پروموتر AOX1 و بیان پروتئین می شود. طبق تخمین من اگر هر میکرولیتر را معادل یک میکروگرم در نظر بگیریم غلظت ما 5 میلی گرم در لیتر است. موضوع دیگر اینکه ذکر شده بود که اتانول توسط پیکیا قابل استفاده است و نسبت به متانول و گلیسرول در اولویت مصرف است و بعد از 4 ساعت مصرف می شود. با این حساب و کتاب ها به بچه ها گفتم به کار ادامه دهند و متانول را هم بعد از یک ساعت اضافه کردند. باید بیان را بررسی کنیم ولی به نظرم مشکل خاصی در بیان ایجاد نشود ولی چون می خواهیم با بیان قبلی مقایسه کنیم باید این اتفاق را در نظر داشته باشیم و تکرار سوم را هم داشته باشیم. یادداشت های آزمایشگاه مولکولی یادداشت های آزمایشگاه مولکولی Wed, 13 Dec 2023 12:08:45 +0330 https://virgool.io/@kazemi62800/%D8%B3%DB%8C%D8%B1%DA%A9%D9%88%D9%84%D8%A7%D8%B1-%D8%AF%D8%A7%DB%8C%DA%A9%D9%88%D8%B1%DB%8C%D8%B2%D9%85-cdcircular-dichorism-tswpg9ay7qib برای تشخیص ساختار پروتئین کاربرد دارد. ابتدا نور را پلاریزه می کنند و سپس آن را به صورت پلاریزه سیرکولار راست گرد و چپ گرد در می آوررند. مقدار شدت این نور راست گرد و چپ گرد پلاریزه یکسان است، بعد آنرا به محلول که از نظر نوری فعال است می تابانند. مقدار جذب نور راست گرد و چپ گرد پلاریزه تابیده شده در یک ماده مشخص متفاوت است، این تفاوت را بر اساس قاعده بیر و لامبرت حساب میکنند و بر روی یک نمودار رسم می کنند که محور افقی طول موج های مختلف است و محور عمودی همان اعدادی است که از تفاوت جذب نور پلاریزه به دست آمده و آنرا رسم می کنند. از آنجا که برای مثلا آلفا هلیکس یا بتا شیت در پروتئین نمودار مشخصی دارند. از مقایسه پروتئین ناشناخته با آن می توانند درصد آنها را در ساختار ثانویه بدست بیاورند و گزارش کنند. در واقع خروجی دستگاه یک سری عدد و رقم است که بایستی با نرم افزار خاضی آنالیز شود و در صدها ارائه شوند.کاربردهای متنوعی دارد از جمله اینکه دستگاه می تواند به صورت اتوماتیک تغییر ساختار پروتئین در اثر عواملی مثل دما یا pH را اندازه گرفته و نشان دهد. جزئیات آن خیلی دقیق و با حوصله در یوتیوب در این لینک (https://www.youtube.com/watch?v=a81cDH26f7A) ارائه شده است.برای درک این روش باید با مفهوم نور پلاریزه آشنا بود، در یوتیوب ویدئوهای متعددی وجود دارد که هر کدام از یک جنبه توضیح دادند ولی توضیح این لینک (https://www.youtube.com/watch?v=U8FanZu4X1I) برای من خیلی ملموس بود. از یک شبکه موازی فلزی و یک سیم برای توضیح پلاریزه شدن استفاده کرد، خیلی جالب بود.این لینک (https://www.youtube.com/watch?v=hJNOwGj8dhQ) هم اطلاعات خوبی در مورد عملکرد دستگاه، خروجی آن و نحوه محاسبه می دهد. یادداشت های آزمایشگاه مولکولی یادداشت های آزمایشگاه مولکولی Sun, 19 Nov 2023 20:50:40 +0330 https://virgool.io/@kazemi62800/%D8%A2%DB%8C%D8%A7-%D9%82%D8%A7%D8%B9%D8%AF%D9%87-%D8%AD%D8%AF%D8%A7%DA%A9%D8%AB%D8%B1-%D8%A8%D9%87-%D8%A7%D9%86%D8%AF%D8%A7%D8%B2%D9%87-%DB%8C%DA%A9-%D8%AF%D9%87%D9%85-%D8%AD%D8%AC%D9%85-%D9%88%D8%A7%DA%A9%D9%86%D8%B4-%D8%A2%D9%86%D8%B2%DB%8C%D9%85-%D8%AF%D8%B1-%D9%85%D9%88%D8%B1%D8%AF-%D9%81%D8%B3%D8%AA-%D8%AF%D8%A7%DB%8C%D8%AC%D8%B3%D8%AA-%D9%87%D8%A7-%D9%87%D9%85-%D8%B5%D8%AF%D9%81-%D9%85%DB%8C-%DA%A9%D9%86%D8%AF-fl88uqzcslvh جواب کوتاه بله است. به ازای هر میکروگرم از DNA یک میکرولیتر آنزیم استفاده می شود و مثلا برای 5 میکروگرم،مقدار 5 میکرولیتر آنزیم و حجم نهائی واکنش باید 50 میکرولیتر باشد. مزیت اصلی آن سرعت انجام واکنش در حداکثر 15 دقیقه است. پس برای عدم برش پلاسمیدهایی که می خواستیم خطی کنیم و نشد می توانیم حجم واکنش را زیاد کنیم و بر اساس حجم نهائی کمی آنزیم اضافی بزنیم. تمام این دردسرها برای این است که نمی توان به داده های نانودراپ تکیه کرد. فکر می کردم فقط در ایران اینطوری است که هیچ وقت دستگاه اسپکت درستی نداشتیم ولی اینحا هم با اینکه دستگاه نو کالیبره است ولی داده های دستگاه با چیزی که روی ژل می بینم همخوانی ندارد و عملا باید به صورت تجربی کار را ستاپ کنیم.https://assets.thermofisher.com/TFS-Assets/BID/Reference-Materials/fastdigest-restriction-enzymes-labaid.pdf یادداشت های آزمایشگاه مولکولی یادداشت های آزمایشگاه مولکولی Wed, 01 Nov 2023 20:13:57 +0330