https://virgool.io/feed/@zistdadeh زیست داده، وبلاگی در رابطه با داده های زیستی، آنالیز آن ها، نرم افزارها و چیزهای باحال تو این فیلد، شاید دلتون بخواد بگین وبلاگی در رابطه با علم باحال بیوانفورماتیک. fa 2026-06-16 14:28:35 https://files.virgool.io/upload/users/378809/avatar/mYtHeW.png?height=120&width=120 https://virgool.io/@zistdadeh https://virgool.io/@zistdadeh/%D9%BE%D8%B1%D9%88%DA%98%D9%87-cd-hit-%D8%A8%D8%AE%D8%B4-%D8%A7%D9%88%D9%84-%D9%85%D8%B9%D8%B1%D9%81%DB%8C-lhot1piv8e6k سلام دوستان. تو این پروژه قصد دارم یه رابط کاربری گرافیکی (GUI) برای برنامه باحال CD-HIT طراحی کنم. خب پروژه پیچیده ای نیست تقریبا همچی مشخص واضح هست. خود برنامه CD-HIT پارمترهای زیادی نداره و بنظر میشه خیلی راحت براش رابط گرافیکی ایجاد کرد. خب برای این کار از زبان پایتون (Python 3.8) و کتاب خانه PyQT5 استفاده می کنم هر دو چیزای باحالی هستن. برای طراحی رابط کاربری خب اولین چیز شناختن دقیق خود برنامه هست،‌ پس بیایین یه سر بریم به سایت رسمی برنامه. cd-hit.orgخب همینطور می تونین تو سایتشون بخونین یه چند سال پیش رفتن رو گیتهاب و اونجا به فعالیتشون ادامه میدن،‌خوبه که شمام اونجا رو به عنوان مرجع در نظر بگیرن.اگه بخواییم خیلی ساده برنامه CD-HIT رو معرفی کنیم باید بگیم این برنامه برای کاهش حجم داده های از جنس توالی های آمینواسیدی و نوکلئوتیدی طراحی شده. خب چطوری کار میکنه، خیلی ساده ست، برنامه ازتون میخواد که فایل Fasta رو بهش بدین و با یه پارامتر دیگه میزان درصد تشابه هست به راحتی به حذف توالی های تکراری بپردازین. خب همینطور که میدونین پارمترهای زیادی نداره و مشخصا کار کردن باهش خیلی دردسر نیست ولی ایده اصلی اینکه یه بیوانفورماتیک کار، به خصوص اونایی که رشته اصلیشون بیولوژی هست، با خیلی از نرم افزارها سرکار دارن و خب مشخصا نمیتونیم همه پارامترها رو به ذهن بسپریم. برای رفع این مشکل بهترین کار طراحی رابطه گرافیکی هست. البته خب حتما تو پایپ لاین درست کردن این رابط های گرافیکی دردسر هستن ولی داستان اینکه همه که قرار نیست با پایپ لاین کار کنن. خیلی ها واقعا نمی تونم یا ترس از استفاده از ترمینال و این دستورات نوشتاری دارن،‌ بخصوص بیولوژیست ها، و منم دلم می خواد همه بتونن از این ابزارهای باحال استفاده کنن بدون اینکه نگران نوشتن کدهای مختلف برای پارمترها و غیره باشن. اصلا یه لحظه با خودتن فرض کنید که می خوایین تو ترمینال از این برنامه ها استفاده کنین و کلی باید بنویسین که برنامه چطور اجرا بشه، حالا چی میشه اگه با چند تا کلیک ساده این کدها رو ایجاد کنید و اگه خواستین حتی تو یه پایپ لاین ازش استفاده کنید. منظورم اینکه یه رابط کاربری لزوما نیاز نیست برنامه رو براتون اجرا کنه،‌ میتونه خیلی راحت کدهای که قرار هست شما تایپ کنید رو تو چند ثاینه بنویسه.فعلا معرفی پروژه رو همینجا تمام می کنیم و تو قسمت بعد سعی می کنیم مستقیما با CD-HIT کار کنیم تا هم پارامترها رو خوب بشناسیم و هم خود برنامه رو خوب برسی کنیم چقدر میتونه کمک کنه تا حجم پردازش رو پایین بیاره. Musa Mohammadi Musa Mohammadi Wed, 18 Nov 2020 12:32:22 +0330 https://virgool.io/@zistdadeh/%D9%85%D9%86-%DA%A9%DB%8C%D9%85-%D9%88-%DA%86%D8%B1%D8%A7-%D8%AF%D8%A7%D8%B1%D9%85-%D8%A8%D8%B1%D8%A7%D8%AA%D9%88%D9%86-%D9%85%DB%8C-%D9%86%D9%88%DB%8C%D8%B3%D9%85-vmxqxgih8htr سلام دوستان اگه به طور خلاصه بخوام خودمو معرفی کنم من یه بیوانفورماتیک کارم. اگه بخوام به طور دقیق تر بگم خب همونطور که تو پروفایلم می تونین ببینین اسمم موسی هست خب این اسم رو فک کنم یکی از بزرگای فامیل برام انتخاب کرده خیلی وقت ها این اسم باعث چالش بوده برام به خصوص شیوه نوشتنش ولی درکل اسم خوبیه. علاقه زیادی در زمینه برنامه نویسی و علوم کامپیوتر دارم ولی خب این لزوما به به معنی تخصص و دانشم در این زمینه نیست. از نظر دانشگاهی یا همون اکادمیک ارشد ویروس شناسی دارم و معمولا در جوامع علمی منو به این تخصص میشناسن. خب شاید براتون سوال پیش بیاد که این ویروس ها چه ربطی به کامپیوتر و برنامه نویسی و اینا داره، اجازه بدین براتون داستان این علاقه و تخصص رو بگم. من از دوره دبیرستان با برنامه نویسی آشنا شدم. فک کنم حدود سال 86 اینا بود که به اسرار پدرم و علاقه خودم رفتم یه دوره برنامه نویسی با VB شرکت کردم. تجربه خیلی باحالی بود داشتم یادم میگرفتم چطور برنامه بنویسم و هم زمان یه رابط گرافیکی براش داشته باشم. آها یادم رفت بگم پدرم دبیر زیست شناسی هست دلیل ایشون برای برنامه نویسی این بود که یجورایی بتونم برنامه ای برای ژنتیک و فنوتیپ انسان در حد خیلی ساده و کلی بنویسم، منظورم اینکه مثلا اگه فلان کروموزم بود بگه پسر یا دختر یا اگه فلان کد ژنتیکی بود بگه مثلا بچه احتمالا چه رنگ چشمی داره. بهرحال اون موقع هدف بزرگی بود برام و خب طبیعتا نتونستم چیزی براش بنویسم، شایدم این مسئله به خاطر استعداد پایینم در تو برنامه نویسی بوده. این داستان موند تا دوره کارشناسیم. تو اون دوره دو تا استاد تاثیر زیادی روم گذاشتن. یکی شون استاد قارچ شناسی بود و تاکید زیادی روی برنامه نویسی داشت، به اسرار ایشون وارد برنامه نویسی تحت وب شدم و یسری چیزایی رو از w3schools یاد گرفتم. تجربه خوبی بود جزابیت زیادی برام داشت چون اکثرا گرافیک بود خیلی جلب این بخش شدم. استاد دوم که باکتری شناس بود درمورد یه علم و تخصصی به اسم بیوانفورماتیک صحبت می کرد. عنوان تخصص برام جالب بود، با یسری جستوجو فهمیدم یه تخصص بین رشته ای در رابطه با داده های زیستی به خصوص توالی های DNA و علوم برنامه نویسی و آنالیز داده. خلاصه یه جرقه هایی تو ذهنم ایجاد شد که برنامه نویسی می تونه برام خیلی جذاب تر باشه. بازم این ماجرا یکی دو سالی ساکن موند تا سال 93 تو دوره ارشد ویروس شناسی پذیرش شدم. اونجا تو دانشگاه یچیز در رابطه با آنالیز توالی های DNA و نرم افزارای مربوطه صحبت می کردن، خلاصه ماجرا این شد که درگیر آنالیز توالی های ژنومی ویروس ها شدم. حدودا یه سالی طول کشید که کاملا درک کنم این فیلد دقیقا دنبال چی هست. از اون تاریخ به بعدا علاقه شدیدی به بیوانفورماتیک به خصوص در رابطه با ویروس ها پیدا کردم و تا الان درگیر این ماجرا هستم.خب به طور کلی باید بگم من یه ویروس شناسم که علاقه زیادی به برنامه نویسی داره و تو فیلد بیوانفورماتیک فعاله. پس قرار مطالب زیادی رو در رابطه با این موضوعات ازم بشنوین. امیدوارم که به همه تو این وبلاگ خوش بگذره. Musa Mohammadi Musa Mohammadi Sat, 14 Nov 2020 12:13:24 +0330