تعیین توالی نسل بعدی DNA بدون سلول میکروبی برای تشخیص سریع بیماری‌های عفونی در میزبان‌های دارای نقص ایمنی

چکیده

سابقه و هدف: تعیین توالی DNA بدون سلول (‏cfDNA)‏به عنوان یک روش آزمایشگاهی موثر برای تشخیص سریع و غیر تهاجمی در آزمایش غربالگری قبل از تولد، غربالگری رد پیوند اعضا و بیوپسی‌های مایع انکولوژی ظاهر شده‌است اما تجربه بالینی برای استفاده از این تکنولوژی در ارزیابی تشخیصی عفونت در میزبان‌های نقص ایمنی محدود است. روش‌ها: ما یک مطالعه اکتشافی را با استفاده از توالی نسل بعدی (‏NGS)‏برای تشخیص cfDNA میکروبی در گروهی از بیماران نقص ایمنی با تب نوتروپنی، ذات‌الریه یا عفونت داخل شکمی انجام دادیم. ​

نتایج: شناسایی پاتوژن توسط cfDNA NGS، توافق مثبتی را با روش‌های معمول آزمایشگاهی در ۷ مورد (‏۷۰٪)‏نشان داد، از جمله بیماران مبتلا به آسپرژیلوزیس مهاجم/احتمالی، ذات‌الریه پنوموسیستیس جیروکی، عفونت‌های استرپتوکوکوموناس مالتوفیلیا، ویروس سایتومگال و ویروس آدنو ویروس. نتایج NGS در ۳ مورد (‏۳۰٪)‏ ناهمخوانی داشت از جمله دو بیمار با سپسیس منفی کشت که پیوند سلول‌های بنیادی خونساز را تجربه کرده بودند که در آن‌ها آزمایش cfDNA عامل بالقوه سپسیس را شناسایی کرد؛ و یک بیمار پیوند کلیه مبتلا به آسپرژیلوزیس مهاجم که ۶ ماه قبل از تست NGS تحت درمان ضد قارچی قرار گرفته بود. ​

نتیجه‌گیری: این مشاهدات از کاربرد بالینی اندازه‌گیری توالی ژن cfDNA میکروبی از خون محیطی برای تشخیص سریع و غیرتهاجمی عفونت‌ها در میزبان‌های دچار ضعف سیستم ایمنی حمایت می‌کند. مطالعات بیشتری مورد نیاز است. ​

مقدمه

عفونت‌ها عامل اصلی بیماری و مرگ و میر در افراد مبتلا به نقص ایمنی هستند. در ۲۵ % بیماران با تب و نوتروپنی باکتریمی رخ می‌دهد. عفونت علت اصلی مرگ و میر بدون عود در میان دریافت کنندگان پیوند سلول‌های خونساز (‏HCT)‏ است. در ۱۰۰ روز اول پس از پیوند، بروز باکتریمی و فعالیت دوباره ویروسی DNA دو رشته‌ای ۱۰ به ترتیب بیش از ۴۰ و ۹۰ درصد است. میزان بروز تجمعی عفونت‌های قارچی تهاجمی و تایید شده در طول سال اول پس از HCT آلوژنیک با شرطی‌سازی غیر میلوپذیری ۱۹ % است. عفونت همچنین یک عارضه شایع گیرنده آنتی‌ژن کایمریک تغییر یافته T (‏CAR - T) ‏سلول ایمونوتراپی با بروز تجمعی ۲۸ روزه ۲۳٪ بعد از تزریق سلول CAR - T است. ​

تشخیص میکروبیولوژیکی بیماری‌های عفونی در این جمعیت آسیب‌پذیر اغلب به چند دلیل چالش برانگیز است. (‏I) ‏تماس قبلی با آنتی‌بیوتیک‌ها و داروهای ضد قارچ که بازده کشت خون را مختل می‌کند؛ در واقع اکثر بیماران مبتلا به نوتروپنی و تب علت عفونی ندارند. (۲)‏ حساسیت پایین فرهنگ‌های مایکوباکتریایی و قارچی؛ برخی از میکروارگانیسم‌ها مانند باکتریهای فستی دیوس، مایکوباکتری‌ها و قارچ‌های دیمورفیک به دوره‌های انکوباسیون طولانی‌تری نیاز دارند. و کشت خون تقریبا در نیمی از بیماران مبتلا به کاندیدا منفی است. کشت خون تقریبا در نیمی از بیماران مبتلا به کاندیدا منفی است. (۳) ‏نمونه‌برداری از زخم اغلب به دلیل خطر خونریزی در شرایط ترومبوسیتوپنی، اختلالات انعقادی در افراد مبتلا به بیماری کبدی یا ناپایداری همودینامیک در بیماران بدحال منع می‌شود. تاخیر در تشخیص در بیماران مبتلا به عفونت قارچی مهاجم منجر به مرگ و میر بیشتر می‌شود. بنابراین، یک نیاز برآورده نشده برای روش‌های تشخیصی جدید، سریع، مقرون‌به‌صرفه و غیرتهاجمی در این حوزه وجود دارد. ​

فن‌آوری DNA بدون سلول (‏cfDNA) ‏با موفقیت در آزمایش‌ها پیش از تولد غیر تهاجمی، غربالگری رد پیوند اعضا، و بیوپسی‌های مایع انکولوژی مورد استفاده قرار گرفته‌است. در سال‌های اخیر، این فن‌آوری برای استفاده در تشخیص بیماری‌های عفونی توسعه‌یافته است. در سال‌های اخیر، این فن‌آوری برای استفاده در تشخیص بیماری‌های عفونی توسعه‌یافته است. تشخیص cfDNA میکروبی با تعیین توالی نسل بعدی (‏NGS)‏ یک روش دقیق و دقیق برای شناسایی و کمی کردن پاتوژن‌ها است. آزمایش (‏Karius) ‏بر تعیین توالی cfDNA میکروبی در گردش در پلاسما برای شناسایی بیش از ۱۰۰۰ پاتوژن شامل باکتری‌ها، ویروس‌ها و قارچ‌ها از ۵ میلی‌لیتر نمونه خون متکی است. این ابزار تشخیصی جدید اخیرا در مطالعه‌ای تایید شده‌است که نشان می‌دهد NGS میکروبی ۹۴٪ از میکروب‌های شناسایی‌شده توسط کشت خون معمولی در بیماران مبتلا به هپاتیت ۲۵ را شناسایی می‌کند و همبستگی بسیار خوبی با تست PCR کمی در بیماران مبتلا به ویروس سایتومگال (‏CMV)‏ دارد. ​

این متن ترجمه‌ای ‌خودکار از چکیده و مقدمه مقاله Next-generation sequencing of microbial cell-free DNA for rapid noninvasive diagnosis of infectious diseases in immunocompromised hosts منتشرشده در مجله https://f1000research.com است.

برای مطالعه کامل این مقاله به همراه ترجمه‌ تخصصی آنلاین و رایگان به این لینک مراجعه فرمایید.​