این انیمیشن روایتی دوباره از آخرالزمان است. داستان انتقال روح به عروسک‌هایی که تنها موجودات زنده کره زمین خواهند بود. چرا که تکنولوژی علیه بشریت قیام کرده و تمام انسان‌ها قتل عام شده‌اند و در این فضای مسموم فقط این عروسک‌ها شانس ادامه حیات را دارند. روح کابالیستی در این انیمیشن موج می‌زند. شماره ۹ به آخرالزمان، اعداد، حلول و تناسخ، دین و مقوله خیر و شر نگاهی ویژه دارد. هر کدام از این موضوعات در این انیمیشن با جهان‌بینی خاص کابالایی ارائه می‌شوند.
زمانی که «تیم برتن» یکی از تهیه کنندگان این اثر را از برترین آثار آخرالزمانی دانست؛ گروهی از نشریه‌های سینمایی به دنبال ویژگی‌های آخرالزمانی در این انیمیشن موفق بودند، گرچه در این ویژگی‌ها کمتر به نمودهای بارز کابالایی پرداختند.
دنیایی که «۹» از انتهای دوران ارائه می‌دهد، دنیای انباشته از زباله‌ها و اجساد، تاریک، زشت، سرشار از آلودگی، ترس و مسمومیت است. ماشین‌آلاتی که انسان برای خدمت به خود اختراع کرده به تکامل رسیده و تمام انسان‌ها را قتل عام کرده‌اند. این انیمیشن به تعبیری اتفاقات بعد از آخرالزمان را بررسی می‌کند، نه حوادث آن را.
شعار اصلی فیلم هم نشانگر همین مساله است: «وقتی جهان ما به پایان رسید، ماموریت آنان آغاز شد» یعنی در دورانی که باید حیات و زندگی در روی زمین پایان می‌یافت، علم کیمیا و عرفان کابالا به نجات زندگی انسانیت) می‌آید؛ گرچه انسان‌ها زنده نمی‌مانند، ولی روح آدم زنده است.
اعداد در انیمیشن شماره ی نه، نقشی اساسی در انتقال مفاهیم، بر عهده دارند و بار اصلی این انیمیشن و روایت آخرالزمانی بر عهده ی اعداد است. عدد ۹ که اسم فیلم هم هست یکی از اعداد مهم عرفان یهود است. این عدد به قدری برای سازندگان اهمیت داشته که زمان اولین اکران فیلم را تاریخ ۲۰۰۹/۹/۹ انتخاب کرده‌اند. در این عرفان، هستی به ۱۰ مرتبه تقسیم می‌شود و روح اصلی آن در نه مرتبه پایین‌تر تجلی می‌یابد. هر کدام از این مراتب در این انیمیشن به تصویر کشیده می‌شوند:
«شماره یک» فردی است ترسو، خشک و متعصب که لباسی مانند کشیشان قرون وسطای اروپایی به تن دارد و در کلیسا بر افراد دیگر حکومت می‌کند. او فکر می‌کند کلیسا مانع هجوم شیطان به افرادش می‌شود. او مدعی است که با روش مخفی شدن، تا به حال توانسته جان افراد را نجات دهد و این ُنه است که با ایجاد تفکر مبارزه با سرنوشت، جان افراد را به خطر انداخته است. شماره یک در مرحله‌ای از فیلم گرفتار ماشین نابودگر می‌شود. او تا هنگامی که از شنل خود - که شبیه به ردای کشیشان است دل نمی‌کند - در خطر نابودی است، ولی به محض این که شنل را که نماد تفکرات کهنه اوست، باز می‌کند، نجات می‌یابد و کلیسا آتش می‌گیرد.
«شماره دو» کسی است که اولین بار با شماره نه برخورد می‌کند. او نماد آگاهی و روشنگری است. کسی که در ابتدای فیلم اولین بار واژه دوست را به نه می‌گوید، او را با دنیای جدید آشنا می‌کند، چراغی را که نماد هدایت است به نه می‌دهد و در راه نابودی شیطان و نجات جان نه، اسیر و کشته می‌شود.
«شماره سه و چهار» این دو نمادی از دو دست چپ و راست در عرفان کابالا هستند، چرا که در این عرفان عنصر سه و چهار درخت حیات، دست چپ و راست نامیده می‌شوند. جالب این که این دو قلوها که منبع علم و اطلاعاتند از دستکش درست شده‌اند.
«شماره پنج» در درگیری با ماشین‌ها، یک سمت از صورتش را از دست داده و الان دچار ترس شده است.
«شماره ی شش» که در عرفان یهود از شفقت و مهربانی خدا سرچشمه گرفته است، با نقاشی‌هایش راه رهایی را نشان می‌دهد. گرچه خود نمی‌داند چرا این نقاشی‌ها به ذهنش می‌آیند و به نوعی تجربه‌ای غیرارادی و وحی‌گونه، او را به کشیدن این راه‌حل وادار می‌کند.
«شماره هفت و هشت» دو عضو قدرتمند گروه و جنگاوران این گروه هستند. همانند عنصر هفت و هشت درخت حیات در کابالا که جایگاه دو پای انسان را دارند.
«شماره نه» آخرین و برترین قسمت وجود دانشمند و دارنده جان و جنسیت اوست. او که به طرز جالبی لباسی از یک زیپ شلوار دارد، درست معادل عنصر نه درخت حیات که نماد غریزه جنسی است، به این بخش از بدن اشاره می‌کند.
در یکی از سکانس‌ها وقتی شماره ی ۲ زیپ لباس ۹ را باز می کند؛ ۹ سراسیمه و خجالت زده آن را بالا می‌کشد.
انسان و تصمیمات او، از مسائل بسیار مهم این انیمیشن است. شماره نه دو دانشمند را به ما معرفی می‌کند:
اول، دانشمندی به نام «اپنهایمر» که سازنده ماشین نابودی است. این که سازندگان شماره ی ۹ از نام دانشمندی که پایه های ساخت بمب اتمی را بنا کرد؛ برای دانشمند خیالی‌شان بهره گرفته‌اند، بسیار قابل تأمل است. واقعیت این است که دلايل و آرزوهای خوب بشر در زمان اقدام برای کارها، همیشه باعث عاقبت خوب برای آن کار نیست.
همچنان که اپنهایمر واقعی بدون قصد نابودی، پایه‌گذار بمبی شد که تهدیدکننده بقای بشر است؛ اپنهایمر انیمیشن هم با ساخت یک وسیله برای خدمت به بشر، باعث نابودی انسان‌ها شد.
دوم، دانشمندی که با استفاده از کتاب رسمی فرقه کابالا، روح خود را در قالب ۹ عروسک زنده نگه می‌دارد. گویی ادامه حیات آدم به شکل جدید، تنها ماموریت این دانشمند بوده است. حلول روح در نه مرتبه تجلی همان چیزی است که در فرقه کابالا، حلول روح اولیه هستی در نه عنصر درخت حیات توصیف می‌شود.
اینجاست که آموزه دیگری از این فرقه معنی پیدا می‌کند، انسان در کمال خود، نوعی خداوندگاری دارد و خود، بی‌نیاز از خدای خالق، خدا می‌شود؟
شماره نه کسی است که با رها کردن سایر اعداد، از سلطه کلیسا و شماره یک، همه آن‌ها را نجات می‌دهد. در جای جای فیلم، به این نکته اشاره می‌شود که کلیسا، نمی‌تواند از افراد حفاظت کند و این خود شماره‌ها هستند که باید با شیطان روبه‌رو شوند. جالب‌تر این که برای پیروزی آن‌ها از نقاشی‌های وحی گونه شماره شش استفاده می‌کنند که لباس زندانیان را بر تن دارد. راهنمای دیگر آنان کتاب دست نوشته‌های «پاراسلسوس» یکی از بزرگ‌ترین طبیبان، کیمیاگران و کابالیست‌های دنیاست. جالب آنکه زیر اسم پاراسلسوس، مثلث منقش به چشم هم به چشم می‌خورد.
