شرایط و قوانین در سازمان های دولتی مانع کارآفرینی در آن می شود که برخی از مهم ترین موانع کارآفرینی سازمانی به شرح زیر می باشد ( موسی خانی و همکاران، 1391)
1) جبر و سکون در سازمان: از مهمترین دلایلی که افراد خلاق در سـازمانها« در لاك خود پنهان می مانند» این است که بسیاری از سازمان ها تمایلی به تغییر سیستم خود ندارند. به هر کار جدیدی منابع بسیار کمی اختصاص داده می شود و چندان جدی تلقی نمی گردد. از این رو افراد خلاق دلیلی برای خلاقیت و جستجوی فرصت های جدید نمی بینند. حتی در بسیاری ازسازمانها ایده های مطرح شده را کهنه تلقی نموده و از این طریق روحیه ی خلافیت را در کارکنان از بین می برند. این طرز تفکر که« این ایده قبلا مطرح شده» برای هر سازمانی زیان آور است، البته پذیرش هر ایده جدیدی امکانپذیر نیست ولی سازمان ها باید ایده های جدید و مطرح شده را مورد توجه قرار داده و منابع لازم را در اختیار افراد قرار دهند تا بتوانند نظرات خود را عملی سازند.(Hwengere, 2003) توجه نکردن به ایده های کارکنان و سرکوب آنها باعث بی تفاوتی وعدم ارایه ایده ها از سوی کارکنان می شود که در طولانی مدت باعث عدم رشد و افول سازمان می شود.
2) دیوان سالاری: دیوان سالاری هم تا حدی موجب دلسردی کارآفرینان سازمانی می شود. در بسیاری از سازمانها، سطوح مدیریتی بسیار زیاد می باشد به طوری که فرآیند تأیید کارها پیچیده و کند می شود. سلسله مراتب سازمانی آن چیزی است که نیاز به درخواست اجازه یا دستور را ایجاب می کند، عمق این سلسله مراتب اخذ مجوز برای هر چیزی را مشـکل می سـازد. همچنین سلسله مراتب باعث مسـیر پیشــرفت شغلی، تفکر کوته نگر و ایجاد محیط خفقان برای ایجاد خلاقیت و نوآوری می شـود. افراد در سـطوح پایین این سلسله مراتب احســاس ناتوانی می کنند زیرا مجبورند برای انجام هر کاری اجازه بگیرند و از دستورات اطاعت نمایند که خود منجر به منفعل شدن آنها می شود. لذا تا آنجا که ممکن است مدیران باید فضا را برای ارائه افکار مستقل بازگذاشته و به افراد با تجربه و متعهد اطمینان کرده و مسیر را برای آنها هموار نمایند.
3) شیوه های نادرست پاداش: دلیل دیگری که کارآفرینان سازمانی به ندرت در بیشتر سازمان ها یافت می شوند، این است که کارکنان ایده جدیدی را مطرح می کنند، پاداشی که در عوض ارائه این ایده به آنان پرداخت می شود بسیار ناچیز است، در حالی که هزینه شکست بسیار بالاست. سازمان ها باید شکست و ناکامی کارکنان را به عنوان یك فرآیند یادگیری در نظر گرفته و به کارکنان کمك کنند تا بر مشکلات و موانعی که ممکن است با آن مواجه شوند غلبه نمایند (Hwengere, 2003)
در بسیاری از موارد در سازمان ها پاداش ها به گونه ای است که معلوم نمی شود در قبال کدام عمل مثبت پاداش به کارمند داده شده است و این عامل باعث بی تفاوتی نیز می شود همچنین به علت عدم تناسب پاداش وکار انجام شده باعث دلسری کارکنان شده و آنها را از بیان ایده ها خود منصرف می کند.
4) نیاز به سودهای کوتاه مدت: شرکت ها دستیابی به سودهای کوتاه مدت را که معیار موفقیت در سازمان است هدف قرار می دهند، لذا همواره فشار مداومی از سوی مدیریت عالی برای تنظیم استراتژیهایی که اقدامات کوتاه مدتی را در پیش دارد، وجود داشته است. هر کدام از عوامل فوق که به آن اشاره شد عمیقا در یك فرهنگ سازمانی رسوخ می کند و در نتیجه علیرغم تلاش های زیادی که مدیریت در ایجاد و فراهم کردن یك محیط کارآفرینی سازمانی انجام می دهد، رفتار بوروکراتیك ممکن است همچنان باقی بماند. ســازمان ها نیاز دارند تا روش هایی را بیابند که کارآفرینی ســازمانی را بر حسب جدیتی که در سازمان دنبال می شود، ارزیابی و تشویق کنند. ساختارها و فرآیندهایی باید در ســازمان طراحی و تدوین شوند که کارآفرینی سازمانی را مورد حمایت قرار دهند (Chrisfactic, 2003)