میکروسکوپ الکترونی یک سیستم خلاء است که به آلودگیها حساس است، بنابراین برای گرفتن بهترین نتیجه نیاز به بازرسی منظم دارد.
برای جلوگیری از آلودگی، محفظه SEM باید با یک پارچه نرم و مواد پاک کننده مناسب مانند ایزوپروپیل الکل یا استون یا یک مکنده با توان پایین تمیز شود تا دیوارها و نگهدارنده نمونه از گرد و غبار، گریس یا سایر آلاینده ها پاک شود. تمیز کردن روزنههای میکروسکوپ الکترونی معمولاً با تبخیر حرارتی آلایندههای روی آنها صورت میگیرد، جایی که تبخیرکنندههای حرارتی شرکت پوششهای نانوساختار، مانند DTE ، DTT و DSCT-T مورد استفاده هستند.
