سازمان مجاهدین خلق ایران سازمان سیاسی اسلامگرا و چپگرا با ساختار شبهنظامی است.رهبری این سازمان با مسعود رجوی و مریم رجوی است. از سال ۱۳۸۲ زنده بودن مسعود رجوی در پرده ابهام قرار دارد و در غیاب وی همسرش مریم رجوی عملاً رهبری این سازمان را برعهده دارد. از ۱۵ شهریور ۱۳۹۶ دبیرکل این سازمان زهرا مریخی است.
این سازمان در ۱۵ شهریور سال ۱۳۴۴ به رهبری محمد حنیفنژاد، سعید محسن و عبدالرضا نیکبین پایهگذاری شد؛ اما بعد از انقلاب سال ۱۳۵۷، عبدالرضا نیکبین از فهرست رسمیِ بنیانگذاران، حذف شد و علیاصغر بدیعزادگان –که از سال ۱۳۴۵ به سازمان پیوسته بود جایگزین او شد.
سازمان مجاهدین پس از شکلگیری، به اقدام مسلحانه بر ضد دودمان پهلوی پرداخت. در سال ۱۳۵۱ سازمان امنیت و اطلاعات کشور (ساواک)، موفق به دستگیری رهبران اولیه این سازمان شده و به حکم دادگاه نظامی وقت، به جُرم «اقدام علیه امنیت کشور، اعمال تروریستی (ترور اتباع ایرانی و آمریکایی)»، به اعدام، محکوم و برخی نیز زندانی شدند. در سال ۱۳۵۴ خورشیدی، برخی به رهبریِ تقی شهرام و بهرام آرام، اقدام به ترور و حذف اعضای مذهبی، از جمله، مجید شریف واقفی در بیرون زندان کردند و با بهدست گرفتن بخشی از سازمان، بیانیهٔ اعلام تغییر ایدئولوژی از اسلام به مارکسیسم را منتشر کردند. پس از آن، اعضای سازمان به دو دسته: مارکسیست به رهبری تقی شهرام و بهرام آرام و نیز مسلمان به رهبری مسعود رجوی و موسی خیابانی، تقسیم شدند.
پس از پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ ایران، بخش مذهبی سازمان مجاهدین خلق ، فعالیت خود را تحت عنوان جنبش ملی مجاهدین، اعلام کردند؛ ولی دربارهٔ اختلاف نظر با روحانیان وقت، از جمله روحالله خمینی، به مخالفت بر ضد نظام جمهوری اسلامی روی آورد. پس از تظاهرات ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ و برکناری ابوالحسن بنیصدر، این سازمان، هدف خود را سرنگونی نظام جمهوری اسلامی ایران عنوان کرد.
اعضای سازمان مجاهدین، دو سال بعد از جنگ ایران و عراق، در سال ۱۳۶۱ به عراق رفتند و با همکاری ارتش عراق، اقدام به تشکیل بازویی نظامی به نام «ارتش آزادیبخش ملی ایران» کرد و در کنار ارتش عراق در جنگ بر ضد ایران، مشارکت کرد. این نیروی نظامی در طول جنگ ایران و عراق، از سوی خاک عراق، بیش از یکصد عملیات نظامی بر ضد مواضع نیروهای ایرانی شکل داد. مهمترین عملیات نظامی سازمان در سال ۱۳۶۷ تحت عنوان فروغ جاویدان انجام شد و جمهوری اسلامی در واکنش به آن اعدام زندانیان سیاسی (تابستان ۱۳۶۷) همه اعضای زندانی سازمان را که حاضر به برائت از سازمان و ابراز ندامت از اعمال خود نشده بودند را در زندانهای ایران اعدام کرد. اگرچه آمار دقیقی از تعداد اعدام شدگان منتشر نشده ولی گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل متحد تعداد آنها را ۱۸۷۹ نفر و دیگر منابع ۳۰۰۰ تا ۴۴۸۲ نفر تخمین زدهاند.
سازمان مجاهدین خلق از بدو ورود رژیم بعث عراق تا سقوط صدام از همکاری با آن خودداری نکرد. سرکوب قیام مردم کردستان عراق، مقابله با انتفاضه شعبانیه شیعیان عراق، شنود و تخلیه اطلاعات و حتی شکنجه اسرای ایرانی از اقدامات منافقین در همکاری یا به عبارتی مزدوران صدام بود.
این سازمان علاوه بر انجام عملیات علیه ایران، برای صدام جاسوسی می کرد. با توجه به اهمیت تخلیه تلفنی، با وجود مشکلات مختلف عراقی ها، بهترین و گسترده ترین امکانات برای این منظور به دستور صدام حسین در اختیار منافقین قرار گرفت.
یکی از وظایف اصلی ستادهای مختلف سازمان در مناطق مجاور ایران تخلیه تلفنی و جمع آوری اطلاعات جبهه و جنگ بود. ایجاد شبکه ارتباطی بین ستاد و ستاد تاکتیکی سازمان در عراق، علاوه بر نقش عملی آن در انسجام سازمانی، تأثیر بسزایی در انتقال سریع اطلاعات به دست آمده از جاسوسی و تخلیه تلفنی و انتقال به موقع اطلاعات به سازمان داشت.
فعالیت بسیاری از این انجمن ها پس از کلاهبرداری و اخاذی مالی جدی توسط دادستان های داخلی مورد بررسی و پیگرد قانونی قرار گرفته است و پس از طرح شکایت از انجمن یاری ایران در انگلستان یا انجمن کمک ایران در آلمان، فعالیت این انجمن ها الف. مشکلی پیدا شده است در این زمینه، یکی از دلایل اعلام شده برای حمله گسترده پلیس فرانسه به مقر این سازمان در پاریس در سال ۲۰۰۳ و دستگیری مریم رجوی، اتهام پولشویی و صرف سرمایه های این انجمن ها در اقدامات تروریستی بود. امورهادی شعبانی، یکی از اعضای جدا شده سازمان، در خاطرات خود با عنوان شعار آزادی سازمان مجاهدین به مزدور و جاسوسی می نویسد: اسرای جنگی که در اردوگاه های عراق وضعیت خوبی نداشتند و توسط سربازان عراقی مورد آزار و اذیت قرار می گرفتند، مسئولان سازمان می گویند: که عملیاتی در پیش داریم، اگر به ما ملحق شوید، بعد از پیروزی آزاد می شوید تعداد کمی از اسرا به اشرف منتقل شدند، تعدادی از آنها در عملیات جان باختند یا تعدادی فرار کردند.
سازمان مجاهدین خلق تا سال۱۳۴۸ یعنی تا ۴سال بعد از اینکه توسط افرادی از نهضت آزادی ایجاد شد اصلا هیچ نیروی خانمی در آن عضو نبود و یک سیستم کاملا مردانه داشت.تا این که ساواک طرحی برای مقابله با اقدامات مجاهدین خلق تهیه کرد .در این طرح به همه بنگاه های املاک کشور دستور داده شد تا هر خانه ای که به مرد مجرد اجاره می دهند اطلاعات آن را در اختیار ساواک قرار دهند.با این شرایط نیرو های مجاهدین خلق نمی توانستند خانه های تیمی اجاره کنند و پای خانم ها به این گروه باز شد که اغلب مذهبی بودند چون در آن زمان هنوز ظاهر سازمان مجاهدین خلق،گروهی بود که مقید به احکام اسلامی است و این روند جذب خانم ها کم کم موضوعی را به اسم ازدواج سازمانی به وجود آورد.
این سازمان بوسيله حکومت پهلوی سابق و جمهوری اسلامی ایران و دولت عراق به عنوان یک سازمان تروریستی شناخته شده است.
سازمان مجاهدین خلق از ۳۰خرداد ۱۳۶۰ علیه نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام مبارزه مسلحانه کرد.مسعود رجوی گفته است در مرحله اول از سال ۱۳۶۰ تا ۱۳۶۱،دوازده هزار نفر کشته شدند.به همین جهت این سازمان از سوی جمهوری اسلامی ایران سازمان تروریستی محسوب میشود. علاوه بر عملیات های مسلحانه ای که سازمان مسؤلیت آن را پذیرفته است برخی ترور ها و عملیات های نظامی دیگر هم به سازمان نسبت داده شده است.
«طلاق اجباری»، «جدایی از فرزند»، «عمل خارج کردن رحم»، «سوء استفاده جنسی» و هزاران ظلم و مصیبت دیگر، گوشهای از بلاهایی است که سران سازمان مجاهدین خلق در حق زنانی که عضو این سازمان بودند، روا داشته است.
