
در سال ۱۹۶۰، جک (Jack)، در حال سفر با هواپیما بر فراز اقیانوس اطلس است. جک درحال سیگار کشیدن است و کادویی در دست دارد که روی آن نوشته : (جک، با عشق و محبت بسیار از طرف پدر و مادر، میشه لطفا بازش نکن تا...) ناگهان هواپیما دچار نقص فنی شده و سقوط میکند. جک بهعنوان تنها بازمانده، به سمت یک فانوس دریایی بزرگ شنا میکند. به محض ورودش به داخل، با جملهای روبهرو میشود که نوشته: نه خدایان، نه پادشاهان، فقط انسانها.
در طبقات پایین، او یک زیردریایی پیدا میکند که او را به شهر زیرآبی به نام رپچر (Rapture) میبرد.
رپچر شهری است که توسط اندرو رایان (Andrew Ryan) ساخته شده است؛ یک آرمانشهر برای نخبگان جامعه که از کنترل دولت، اخلاقیات و چارچوبهای سنتی فرار کنند. شهری که هنرمندان از سانسور نمیترسند و دانشمندان به علت مرگ و میر در آزمایشهایشان محدود نمیشوند.
در این شهر، کشف مادهای به نام ADAM که از حلزونهای دریایی استخراج میشود، منجر به ایجاد پلاسمیدهایی شده است که به انسانها قدرتهای فراانسانی میدهد. اما استفاده بیرویه از ADAM باعث اعتیاد و جنون ساکنان شده و شهر را به ویرانی کشانده است.

جک پس از ورود به رپچر، با مردی به نام اطلس (Atlas) از طریق رادیو ارتباط برقرار میکند. اطلس ادعا میکند که خانوادهاش در خطر هستند و از جک میخواهد که به او کمک کند. در مسیر، جک با موجوداتی به نام اسپلایسرها (Splicers) مواجه میشود؛ انسانهایی که بر اثر استفاده بیش از حد از ADAM دچار جهشهای ژنتیکی و جنون شدهاند. این موجودات توسط یک پزشک دیوانه، دست و پاهایشان قطع شده بجایش تیغ و شمشیر کار گذاشته شده است. بعد از کار پزشک دیوانه با تزریق ADAM، آنها را تبدیل به قاتلان خطرناک میکرد که تحت کنترل صاحب خود قرار بگیرند.
همچنین او بارها با لیتل سیسترها (Little Sisters) مواجه میشود؛ مادهی ADAM در بدن دختربچهها بطور چشمگیری تکثیر و تولید میشد. همین اتفاق باعث شد تا دانشمندان به بدن دختربچهها مقدار کمی ADAM تزریق کنند و بعد از چند هفته، مقدار بسیار بدست بیاورند. البته تنها راه استخراج، کشتن دختر بچههاست که اتفاق موجب میشد هربار دختربچههای جدیدی برای این کار پیدا کنند. در این بین برای پیدا کردن و مراقبت از لیتل سیسترها، موجودات جدیدی خلق کردند به نام بیگ ددی (Big Daddy). این موجودات انسان هایی هستند که لباسی آهنی شبیه زیردریایی به تن میکنند و کارشان محافظت از لیتل سیسترها است. آنها با تغییر ژنیک و ایجاد احساس پدر دختری میان لیتل سیسترها و بیگ ددیها وابستگی بوجود میآوردند.

در طول مسیر، جک با دکتر بریجید تننبام (Brigid Tenenbaum) آشنا میشود که به او پیشنهاد میدهد به جای کشتن لیتل سیسترها برای استخراج ADAM، آنها را نجات دهد و حلزون مادر درونی دختربچهها را از بین ببرد؛بریجید بزرگترین دانشمند در حوزهی ژنتیک است که این ماده را با استفاده از یک حلزون دریایی ساخته است. او که زمانی پیشروی این راه برای سواستفاده از لیتل سیسترها بود، اکنون درحال جبران اشتباهات گذشتهش است.
جک با گشت و گذار در شهر رپچر و کشف اطلاعات بیشتر، بهتدریج در مییابد، شهری که با هدف تبدیل شدن به یک آرمان شهر تاسیس شده بود. شهروندانش را قربانی، دانشمندان و هنرمندانش را دیوانه و رئیس این شهر را تبدیل به هیولایی دیکتاتور کرده است. حالا این شهر تبدیل به ویران شهر شده است.

درنهایت جک به دفتر اندرو رایان میرسد و اینجا رایان حقیقتی شوکهکننده را فاش میکند. رایان از جک میپرسد: انسان چگونه از یک برده برتر میشود؟ با پول، با قدرت، نه... انسان انتخاب میکند و برده اطلاعات میکند!
جک در واقع پسر نامشروع اوست که توسط فونتین ربوده و با استفاده از مهندسی ژنتیک بهسرعت رشد داده شده است. فونتین با استفاده از عبارت "Would you kindly" (میشه لطفاً...) جک را شستوشوی مغزی داده و او را به یک ابزار مطیع تبدیل کرده است. عبارتی طلایی که با گنجاندن آن در درخواست هایتان، جک بدون سوال، آن را عملی میکند.
اندرو رایان با استفاده از همین عبارت، جک را مجبور میکند که او را با چوب گلف بکشد. این کار نشاندهنده اوج فقدان اراده در جک است. همانند رباتی که از قبل برنامهریزی شده تا کارهای وحشتناکی را انجام دهد.
اطلس که در این مدت برای پیشبرد خواستههایش از این جمله استفاده میکرد، در واقع فرانک فونتین (Frank Fontaine) است؛ دشمن اصلی اندرو رایان که هویتش را پنهان کرده بود.

پس از مرگ رایان، فونتین کنترل رپچر را به دست میگیرد و جک را تنها رها میکند تا زیر آوار اتاق اندرو رایان بمیرد. اما دکتر بریجید و لیتل سیسترها، جک را از راهی مخفی نجات میدهند و به او کمک میکنند تا شستوشوی مغزیاش را از بین ببرد.
و حالا جک برای مقابله با فونتین، باید لباس یک بیگ ددی به تن کند تا بتواند راه رسیدن به فونتین را سریعتر پیدا کند و به لیتل سیسترها نزدیک شود و از کمک آنها بهرهمند گردد.
در نهایت، جک با فونتین مواجه میشود. فونتین خود را به دستگاهی متصل کرده که به منبع عظیمی از ADAM دسترسی دارد و او را به یک موجود جهشیافتهی قدرتمند تبدیل کرده است. جک با مبارزه با فونتین، او را ضعیف میکند و درنهایت تعداد بسیاری لیتل سیستر از بدن فونتین آنقدر ADAM خارج میکنند که باعث مرگش شود.
در پایان جک هر لیتل سیستری را که از شر مادهی ADAM نجات داده باشد، با خود به سطح زمین میبرد و بهعنوان پدرخواندهشان آنها را بزرگ میکند. لیتل سیسترها مانند تمام دختربچهها بزرگ میشوند، درس میخوانند، ازدواج میکنند و بچهدار میشود. دختربچهها تا آخرین لحظات عمر جک همانند خانوادهای که هیچوقت نداشت، کنارش میمانند و برای او سوگواری میکنند.

درآخر با سوالی ساده اما عمیق، با شما خداحافظی میکنم.
اندرو رایان : چه چیزی انسان را از یک برده جدا میکند، درحالی که یک انسان انتخاب میکند و یک برده اطلاعات میکند؟